L’épisode final de la saison 7 va mettre en place les bases de Stargate Atlantis. Sg-1 va découvrir des installations anciennes situées en antarctique dans le double épisode final de la saison 7. En effet, Sg-1 découvrira des armes anciennes qui permettront de sauver la Terre de l’attaque d’Anubis. Il est alors facile d’affirmer que Atlantis introduira sûrement des nouvelles notions reliées à cette découverte.
Récemment, Brad Wright à dévoiler au magasine Tv Guide que l’histoire de Atlantis se déroulerais dans une autre galaxie. L’équipe serait dirigée par des civiles, qui auraient une femme à leur tête. La série introduira des nouveaux ennemis, dont un en particulier qui serait tellement méchant qu’il fera paraître les Goa’ulds amicaux.
Selon FilmJerk: “Stargate: Atlantis” raconte les aventures d’une équipe internationale de scientifiques et de militaires représentant la Terre qui a récemment découvert une cité Ancienne abandonnée sur une planète éloignée dans la galaxie de Pégase. À partir de cette endroit, ils utiliseront un tout nouveau réseau de Porte des Étoiles qui les mèneront vers plusieurs planètes habitées par des humains. Ils rencontreront aussi de nouveaux ennemis nommés les « Wraith », qui sont encore plus puissants que les Anciens. Toujours selon FilmJerk, le premier épisode de la série s'intitulera "Rising".

La cité perdue des Anciens est une île refermée sur elle-même, entourée par une vaste étendue d’eau sur la surface d’une planète dans la galaxie de Pégase (… éventuellement). Elle a été désertée par les Anciens qui l’abandonnèrent en parfaite condition. L’équipe doit alors l’explorer pour découvrir tous ses secrets. Atlantis possède un puissant bouclier énergétique, qui permet de protéger cette nouvelle base d’opération des attaques ennemies. Une Porte des Étoiles différente de celle aperçue jusqu'à maintenant est installée au cœur de la cité.

Les chevrons de la Porte des Étoiles d’Atlantis sont bleus et les symboles sont évidemment différents dans cette galaxie. Au lieu de tourner physiquement, l’anneau intérieur est constitué d’un motif lumineux. Ces motifs lumineux tournent également beaucoup plus rapidement que la Porte des Étoiles de la Terre.

L’équipe accède au contrôle de la Porte des Étoiles, qui ressemblent plus à un ordinateur qu’à un D.H.D, ainsi qu’à une nouvelle bibliothèque d’adresses, qui pour la plupart sont des destinations pour le réseau de Porte des Étoiles de la galaxie de Pégase. Après avoir établi le contact avec un autre monde, une sonde M.A.L.P. est envoyée en reconnaissance et les G.D.O. sont encore utilisés. En appuyant sur un bouton, la Porte des Étoiles peut être protégée par un bouclier énergétique ressemblant à un iris.

Ils vainquirent les Anciens il y a bien longtemps. Les Wraith sont une espèce fonctionnant comme les abeilles, avec une ruche et une reine, et le plus terrifiant, ils se nourrissent de l’énergie vitale de leurs ennemis. Ils « cultivent » un millier de mondes peuplés par des êtres qu’ils utilisent comme nourriture. Les Wraith sont décrits comme des créatures ayant la peau d’un ton vert pâle ainsi que des yeux noirs. Ils possèdent également une incroyable puissance de régénération, une puissance de régénération si incroyable que selon le Dr. Beckett, les Wraith ne pourraient mourir de vieillesse comme les humains le font. Ils semblent également que les Wraith possèdent certaines capacités psychiques.