Guizeh, 1928, le professeur Langford accompagné de sa fille Catherine dévouvrent un objet mystérieux recouvert par une dalle de plusieurs tonnes couverte de gravure anciennes.

De nos jours : Le professeur Daniel Jackson, archéologue de génie et linguiste aux idées contéstées, préside une assemblée afin de présenter une théorie à ses collegues selon laquelle la grande pyramide d'Egypte serait bien plus ancienne que ce que l'on croit tout comme le sphynx. Ridiculisé devant toute la communauté scientifique, Daniel perd sa bourse ainsi que son travail.

Tout de suite après la réunion, Daniel fait la connaissance de Catherine Landford qui lui propose un travail consistant en une traduction de caractères très anciens. En arrivant sur le site, Daniel dévouvre la dalle trouvée en 1928 mais l'objet qu'elle recouvrait lui a été caché pendant un bon moment.

Pendant ce temps, 2 hommes se rendent au domicile du Colonel Jack O'Neill qui vient de perdre son fils. Ces deux hommes lui annoncent qu'il fait à nouveau parti du service actif. Le colonel O'Neill reprend donc son poste à la base de Cheyenn Mountain et prend le commandement de l'équipe de chercheurs qui travaillent sur la dalle, ce qui ne plait pas à Catherine Langford qui avait une autonomie totale jusque là.

Daniel commence ses recherches et se rend compte que la civilisation égyptienne est bien plus ancienne que ce que disent les livres d'histoire. Il traduit une partie de la dalle qui parle d'une Porte des Etoiles. C'est malheureusement la seule partie de la dalle qu'il réussi a traduire, le reste étant écrit dans un langage inconnu. Puis par hasard, il découvre qu'il ne s'agit pas d'un langage mais de constellations. Il en réfère immédiatemment au commandement de la base afin d'exposer sa découverte.

Après son explication, le Général West qui commande la base autorise que Daniel puisse voir ce qu'il avait traduit comme étant la Porte des Etoiles. Il découvre aussi toutes les installations ultra-sophistiquées qui permettent d'activer la Porte. Enfin, il découvre sur la Porte le septiemme symbole indispensable pour activer la Porte. Ces symboles sont entrés, ce qui active un vortex vers un autre monde qu'une équipe, composée de Daniel et de O'Neill, va aller explorer.

Arrivé sur la planète, Daniel se rend compte qu'il n'y a aucune inscription permettant de retrouver les coordonnées de la Terre. Le reste de l'équipe décide alors d'explorer un peu les environs et découvrents qu'ils ont attéri au milieu d'un pyramide dans un désert. Daniel fait la rencontre d'un étrange animal qui semble avoir été domestiqué, mais l'animal prend peur et Daniel est trainé sur plusieurs centaines de mètres jusqu'à un camp de travail.

Là, l'équipe fait la connaissance de Skaara et de Kasuf qui les emmènent à leur village. Un repas est organisé en l'honneur des explorateurs qu'ils prennent pour des envoyés de Râ. Afin de leur montrer leur soumission, Kasuf offre sa fille, Sha're, à Daniel. En discutant avec elle, il comprend qu'elle connait le symbole de la Terre. Daniel lui demande de lui montrer où elle a vu ce symbole.

Pendant ce temps, un événement étrange se produit près de la pyramide. Une tempête de sable d'une grande violence s'est déclanchée sans aucun signe précurseur, ce qui a obligé les hommes du campement à se replier dans la pyramide mais quelque chose de bien plus étrange se produit. En effet, un immense vaisseau se pose sur la pyramide et une chose inconnue frappe les soldats de la pyramide les uns après les autres.

Peu de temps après sa discussion avec Sha're, Daniel et elle se rendent dans une grotte où se trouve l'histoire du peuple de cette planète ainsi que l'histoire de ce qui s'est produit sur Terre il y a des milliers d'années. O'Neill les retrouve et ensemble ilstrouvent la pierre dans laquelle sont gravés les symboles à entrer pour rentrer sur Terre. Malheureusement, le septiemme symbole est effacé et O'Neill décide de retourner à la pyramide.

En arrivant aux abords de la pyramide, O'Neill et son équipe voient le vaisseau de Râ. O'Neill décide spontanémment de prendre d'assaut la pyramide. Malheureusement, ils tombent dans une embuscade et seuls O'Neill et Daniel survivent, mais ils sont très rapidement faits prisonniers. Ils sont emmenés auprès de Râ mais un acte désespéré de O'Neill pour s'en sortir a très mal tourné et Daniel se fait tué.

Pendant que O'Neill est emmené en cellule pour rejoindre ceux qui ont déjà été faits prisonniers, Daniel réscussite grâce au sarcophage de Râ. Une longue discussion a lieu entre Râ et Daniel jusqu'au moment où Râ annonce à Daniel que la bombe que O'Neill avait amené pour détruire toute forme de menace serait enrichie avec le minerai extrait sur la planète puis renvoyé sur Terre.

Plus tard, Râ convoque tout le monde afin de préparer une exécution, celle des prisonniers, et c'est Daniel qui est chargé de tuer ses amis. Il retourne l'arme contre les gardes qui protègent Râ et s'enfuit avec ses compagnons aidé par Skaara et ses amis. Râ, furieux, tue un de ses gardes afin de montrer son autorité.

Peu après la fête célébrant leur victoire, Skaara dessine sur un mur un symbole qui rappelle quelque chose à Daniel, puis en le modifiant, il se rend compte qu'il s'agit du septiemme symbole permettant d'activer la porte vers la Terre. O'Neill décide alors de faire parti de la caravane qui va emmener le minerai à Râ. En arrivant à la pyramide, l'équipe infiltrée dans la caravane tue le plus de gardes possible mais Sha're est tuée. Daniel décide alors de la ranimer grâce au sarcophage.

A l'extérieur de la pyramide, des chasseurs tirent sur le reste de l'équipe ainsi que sur les compagnons de Skaara. Heureusement, au moment le plus critique, Kasuf arrive accompagné de tout son peuple afin d'écraser une fois pour toute leur ennemi. Râ voyant cela décide de s'échapper.

Un problème persiste : O'Neill a mis sa bombe en route et il n'arrive pas à arrêter la minuterie. Mais il a finalement une idée en même temps que Daniel. Ils envoient la bombe sur la vaisseau de Râ qui est en orbite autour de la planète grâce aux anneaux de transfert. L'explosion a lieu et le vaisseau est anéanti tout comme son occupant : Râ est définitivement détruit.

La Porte des Etoiles est enfin ré-ouverte mais Daniel décide de rester avec Sha're. Les autres repartent sur Terre avec joie, même O'Neill qui a retrouvé un sens à sa vie.